Hra je zasazena do oblasti tří ostrovů na jihovýchodě Austrálie ,které jsou ovládány doktorem Noem Cortexem. Za pomoci svého přítele a geniálního vědce ,doktora Nitruse Bria ,vytvoří Evolvo-Ray(lze přeložit jako Vývojo-paprsek) ,se kterým vyvinou mnoho zvířat z ostrovů na příšery se super lidskou silou ,až jich byla celkem početná populace. Jeden z experimentů byl mírumilovný Bandicoot,Crash ,který měl být Cortexovým velitelem pro jeho rostoucí zvířecí armádu. Navzdory Briovým varováním ,Cortex vystaví Crashe nevyzkoušenému stroji "Cortex Vortex" ve snaze získat nad ním naprostou kontrolu. Experiment se však nezdaří protože "Vortex" Crashe odmítne. Cortex ho tedy pokládá za bezceného a při honičce v Cortexově zámku vypadne Crash z okna a spadne do moře. Po Crashově útěku pak Cortex připravuje samici Bandicoota, Tawnu, k dalšímu experimentu.

Během zajetí se však Crash s Tawnou seznámili a rozhdune se tedy porazit Cortexe ,napravit problémy které způsobil a zachránit Tawnu. Z pláže na kterou ho vyplaví moře ,Crash projde zkrz blízkou džungli překoná velkou dřevěnou zeď osídlenou primitivním kmenem. Poté se dostane do chatrče náčelníka kmene ,Papu Papu ,a je donucen ho porazit v sebeobraně ,protože náčelníkovi se nelíbilo ,že ho Crash probudil z jeho šlofíka. Na zádech divokého prasete pak utíka před rozbouřeným kmenem a překonává další velkou dřevěnou zeď. Odtud se dostane na druhý ze tří Cortexových ostrovů. Ostrov je dlouho opuštěný a tak na něm není nic jiného než džungle,ruiny osídlené ještěry ,zchátralé horské mosty ,a strašidelné katakomby. Cortex ale zjistí že se Crash snaží dostat přez ostrovy zpět do hradu a tak proti němu posílá dalšího ze svých mutantů. Jedním z nich je bláznivý klokan Ripper Roo. Crash se sním utká na vrcholku vodopádu ,vyhraje ,a při velké explozi výbušniny TNT Roo spadne dolu. Crash pak pokračuje dál po ostrově až dorazí k dolu vyhloubeném v sopce. Zde se utká z dalším z mutantů ,zlého dokotra, zvaným Koala Kong. Jak její jméno napovídá je to koala a Crashe se snaží zneškodnit házením kamenů. Naštěstí Crash hozené kameny odrazáí zpět a vyhraje. Porážka mu pak otevře cestu na další a zároveň poslední ostrov.

První místo které Crash navštíví na třetím ostrově je Cortexova elektrárna ,která dodává energii k jeho pokusům v zámku.Elektrárna vypouští do moře radioaktivní odpad a ničí okolní život. To Crash nemůže nechat bez povšimnutí a tak se vydá zkrz komplex. Nejdříve projde hlavní částí továrny ,pak okolo generátoru až se dostane k místu kde se vypouští toxický odpad. Zde v jádru továrny se utká s Cortexovým ředitelem elektrárny ,Pinstripem Potoroo.Je to pes ,který vypadá jako mafián. Oblečen v saku a se samopalem v ruce začne strílet po Crashovi. Naštěstí se samopal přehřívá a poskytuje tam vždy na malou chvíli Crashovi zaútočit. Na konci boje pak několik zbloudilých kulek poškodí jádro elektrárny a dojde k jejímu zničení. Teď na Crashe čeká samotný zámek. Protože se ale nemůže dostat do zámku přez padací most ,musí vylézt po zdech až k oknu kterým vypadl a dostal se dovnitř. Poté co projde temnými chodbami zámku a okolo několika strojů utká se s doktorem Nitrousem Briem v jeho laboratoři. Brio se pomocí chemických sloučenin sám promění v mutanta ,ale crash ho i tak porazí. Zámek vzplane díky chemikálijím které Brio použil. Než však zámek vyhoří do základů Crash stihne utéct na Cortexovu vzducholoď. Zde Crashe čeká poslední souboj. Cortex sedí na malém vznášedle a střílí po Crashovi z plazmové pistole. Crashovi se podaří několik výstřelů odrazit zpět a zničí Cortexovi vznášedlo. Cortex padá dolů na ostrov a Crash se vydává pro svou milou Tawnu. Spolu pak opouštějí hořící zámek ve vzducholodi.